Kerajaan Kutai diperkirakan berdiri pada abad ke-5 Masehi, ini dibuktikan dengan ditemukan nya 7 buah Yupa yang mempunyai 3 fungsi utama, yaitu sebagai prasasti, tiang pengikat hewan untuk upacara korban keagamaan, dan lambang kebesaran raja.
Dari tulisan yang tertera pada yupa nama raja Kudungga diperkirakan merupakan nama asli Indonesia, namun penggantinya seperti Aswawarman, Mulawarman itu menunjukan nama yang diambil dari nama India dan upacara yang dilakukannya menujukan kegiatan upacara agama Hindu. Dari sanalah dapat kita simpulkan bahwa kebudayaan Hindu telah masuk di Kerajaan Kutai.
Kerajan Kutai Mulawarman (Martadipura) didirikan oleh Kudungga, yang selanjutnya menurunkan Raja Aswawarman, Raja Mulawarman, sampai 27 (dua puluh tujuh) generasi Kerajaan Kutai.
Sementara itu pada abad XIII di muara Sungai Mahakam berdiri Kerajaan bercorak Hindu Jawa yaitu Kerajaan Kutai Kertanegara yang didirikan oleh salah seorang pembesar dari Kerajaan Singasari yang bernama Raden Kusuma yang kemudian bergelar Aji Batara Agung Dewa Sakti dan beristerikan Putri Karang Melenu sehingga kemudian menurunkan putera bernama Aji Batara Agung Paduka Nira.
Proses asimilasi (penyatuan) dua kerajaan tersebut telah dimulai pada abad XIII dengan pelaksanaan kawin politik namun tidak berhasil baik.
Baru pada abad XVI melalui perang besar antara kerajaan Kutai Kertanegara pada masa pemerintahan Aji Pangeran Sinum Panji berhasil mengalahkan Kerajaan Kutai Mulawarman (Martadipura) pada masa pemerintahan Raja Darma Setia.
Dan nama kerajaannyapun berubah menjadi Kerajaan Kutai Kertanegara Ing Martadipura yang kemudian menurunkan Dinasti Raja-raja Kutai Kertanegara sampai sekarang.
Pada tahun 1732 – 1739 Masehi saat pemerintahan Sultan Aji Muhammad Idris kerajaan berubah menjadi Kesultanan Islam.
Banyak peninggalan kerajaan yang masih ada sampai sekarang seperti Mahkota, Kalung Siwa, Singgasana, Tombak Majapahit, Keris, Kura kura emas dan lain sebagainya.