Berdasarkan penelitian genom manusia diketahui Genetika manusia Indonesia adalah hasil pencampuran Genetika nenek moyang keturunan manusia modern (Homo sapiens) yang berkelana dari Afrika dan datang secara bergelombang dalam kurun waktu puluhan ribu tahun dengan rute yang berbeda-beda sampai ke wilayah Nusantara.
Ada tiga penanda genetik yang dapat digunakan untuk mempelajari migrasi manusia.
Pertama, kromosom Y, yaitu struktur protein dan asam nukleat dalam sel sperma. Kromosom Y menurunkan DNA dari ayah ke anak-anaknya.
Kedua, materi genetik dalam mitokondria, disebut juga DNA mitrokondria, yang diturunkan ibu ke seluruh anak-anaknya. Mitokondria adalah struktur di dalam sel yang mengubah asupan makanan menjadi energi yang dapat digunakan oleh tubuh.
Para peneliti genom manusia mengelom-pokkan manusia yang memiliki kesamaan baik dalam kromosom Y atau DNA mitokondria ke dalam populasi-populasi genetik dan menyebut nya haplogroup yang merupakan motif spesifik di kedua DNA tersebut.
Penanda genetik ketiga adalah DNA autosom yang diturunkan secara parental dari kedua orang tua.
Dengan menggunakan DNA mitokondria, ditemukan di Indonesia bagian barat ada haplogroup M, F, Y2, dan B.
Haplogrup ini sebagian besar penutur bahasa Austronesia, yang dituturkan di Asia Tenggara, Madagaskar, dan Kepulauan di Pasifik.
Sementara di Indonesia bagian timur kami temukan kelompok haplogroup Q dan P.
Dua kelompok haplogrup terakhir unik dimiliki oleh orang-orang Papua dan Nusa Tenggara saja yang merupakan penutur bahasa non-Austronesia.
Yang menarik adalah Mentawai dan Nias, haplogrup-nya mengelompok sendiri dengan suku asli Formosa, penutur bahasa Austronesia yang mengembara ke arah selatan sekitar 5.000 tahun yang lalu.
Dengan menggabungkan penelitian genetika dengan pengetahuan arkeologi dan linguistik, diketahui bahwa manusia modern yang menempati Nusantara datang secara bergelombang